Nhu cầu nuôi trồng thủy sản bền vững đã thúc đẩy nghiên cứu về việc sử dụng chế phẩm sinh học trên các sinh vật thủy sinh. Mối quan tâm ban đầu tập trung vào việc sử dụng chúng như chất kích thích tăng trưởng và cải thiện sức khỏe của động vật; tuy nhiên, các lĩnh vực mới đã được tìm thấy, chẳng hạn như tác động của chúng đối với khả năng sinh sản hoặc khả năng chịu đựng căng thẳng, mặc dù điều này đòi hỏi sự phát triển khoa học hơn.

Sự phát triển của ngành nuôi trồng thủy sản như một ngành công nghiệp đã tăng tốc trong những thập kỷ qua; điều này đã dẫn đến thiệt hại về môi trường và năng suất thấp của nhiều loại cây trồng. Nhu cầu tăng khả năng kháng bệnh, tăng trưởng của các sinh vật thủy sinh và hiệu quả sử dụng thức ăn đã dẫn đến việc sử dụng men vi sinh trong các hoạt động nuôi trồng thủy sản. Ứng dụng men vi sinh đầu tiên diễn ra vào năm 1986, để thử nghiệm khả năng tăng trưởng của các sinh vật thủy sinh (sinh vật sống trong nước). Sau đó, men vi sinh được sử dụng để cải thiện chất lượng nước và kiểm soát các bệnh nhiễm trùng do vi khuẩn. Ngày nay, có bằng chứng được ghi nhận rằng men vi sinh có thể cải thiện khả năng tiêu hóa chất dinh dưỡng, tăng khả năng chịu đựng căng thẳng và thúc đẩy sinh sản.